5 Capítulo 5 — ¿Qué lo está causando?

Epidemiología aplicada en acuicultura — Parte II: Medir la enfermedad

Dónde encaja esto — Anticipar (prevención primordial/primaria). Para prevenir la enfermedad primero hay que saber qué aumenta su riesgo. Este capítulo convierte “las jaulas con agua de río parecen tener más BKD” en un efecto medido y con intervalo de confianza —el núcleo cuantitativo de identificar factores de riesgo—.

5.1 Panorama

El Capítulo 4 nos dijo cuánta enfermedad hay. Este pregunta por qué —en concreto, si una exposición sospechosa (una fuente de agua, un tratamiento, un vecino en brote) cambia el riesgo de enfermedad, y cuánto—. La respuesta es una pequeña familia de números construidos desde un objeto humilde, la tabla 2×2: riesgo relativo, razón de odds y las medidas atribuibles que le dicen a un encargado cuánta enfermedad desaparecería si la exposición lo hiciera. Los calculamos sobre una pregunta real de Aysén Salmón: ¿el agua de río de entrada conlleva más riesgo de enfermedad bacteriana del riñón (BKD) que el agua de recirculación (RAS)?

Usamos bkd_watersource.csv — 16 unidades de esmoltificación en agua dulce, la mitad en agua de río, la mitad en RAS.

5.2 5.1 Preparación

pacman::p_load(rio, here, tidyverse, janitor, epiR)

bkd <- import(here("data", "bkd_watersource.csv"))
glimpse(bkd)

5.3 5.2 La tabla 2×2

Toda medida de asociación empieza aquí. Clasificamos cada pez por exposición (río vs. RAS) y desenlace (caso de BKD vs. no). Agregando a conteos de peces:

	Casos BKD	No casos	Total
Río (expuesto)	2.800	23.112	25.912
RAS (no expuesto)	1.175	23.326	24.501

El riesgo de BKD es del 10,8 % con agua de río y del 4,8 % con RAS.

Convención. Etiqueta las celdas a (expuesto, enfermo), b (expuesto, sano), c (no expuesto, enfermo), d (no expuesto, sano). Mantén la exposición en filas y la celda expuesto/enfermo arriba a la izquierda, porque epiR y la mayoría de los textos asumen esa disposición.

5.4 5.3 Riesgo relativo y razón de odds

El riesgo relativo (RR) es la razón de los dos riesgos:

RR = riesgo si expuesto ÷ riesgo si no expuesto = 0,108 ÷ 0,048 = 2,25

La razón de odds (OR) es la razón de los odds —la única medida válida en un estudio de casos y controles (Capítulo 7), donde no se pueden calcular riesgos directamente—:

OR = (a×d) ÷ (b×c) = 2,41

epiR calcula ambas, con intervalos de confianza y las medidas atribuibles de abajo, en una llamada:

tab <- matrix(c(2800, 23112, 1175, 23326), nrow = 2, byrow = TRUE)
epi.2by2(as.table(tab), method = "cohort.count")
#> Inc risk ratio (RR)              2.25 (2.11, 2.41)
#> Odds ratio (OR)                  2.41 (2.24, 2.58)
#> Attrib fraction in exposed       55.6% (...)
#> Attrib fraction in population    39.2% (...)

🧮 Epivet Tools — Medidas de asociación 2×2 Ingresa las cuatro celdas y obtén RR, OR y fracciones atribuibles con IC: tools.epivet.cl/assoc-2x2. Modelo de referencia: Ausvet EpiTools.

El agua de río se asocia con 2,25 veces el riesgo de BKD (IC 95 % 2,11–2,41). El intervalo excluye el 1, así que la asociación es estadísticamente clara. La OR (2,41) es algo mayor que el RR (2,25): la OR siempre exagera el RR cuando el desenlace es común, por lo que se prefiere el RR cuando el diseño lo permite.

5.5 5.4 Medidas atribuibles — los números del “¿y entonces qué?”

El RR y la OR dicen cuán fuerte es la asociación. Las medidas atribuibles dicen cuánta enfermedad explica —los números sobre los que un encargado realmente actúa—.

Riesgo atribuible en los expuestos (RAe) = 10,8 % − 4,8 % = 6,0 por 100. Entre los peces de agua de río, 6 casos de BKD por 100 son el “exceso” ligado a la fuente de agua.
Fracción atribuible en los expuestos (FAe) = (RR − 1)/RR = 55,6 %. De la BKD que ocurre en peces de río, más de la mitad no habría ocurrido con RAS.
Fracción atribuible poblacional (FAP) = 39,2 %. En toda la operación de agua dulce, el 39 % de toda la BKD es atribuible al agua de río —menor que la FAe porque solo la mitad de las unidades (prevalencia de exposición 51 %) están en agua de río—.

La brecha entre FAe (56 %) y FAP (39 %) es la idea más útil aquí: un factor de riesgo fuerte al que pocos animales están expuestos mueve poco a la población, mientras que un factor modesto que todos comparten puede dominar la carga poblacional. La FAP es lo que te dice si cambiar de fuente de agua vale la inversión.

5.6 5.5 Interpretación en el centro de cultivo

Para un programa de Anticipar, estos números convierten una corazonada en un objetivo priorizado y costeado. Un RR de 2,25 con un intervalo estrecho dice que el agua de río es un motor real, no ruido; una FAP cercana al 40 % dice que actuar sobre ella podría eliminar casi dos de cada cinco casos de BKD. Así se priorizan los factores de riesgo en la práctica: la cohorte nacional de SRS halló que el Caligus con hembras ovígeras elevaba el riesgo de SRS dentro del vecindario en un factor comparable (RR ≈ 1,36; Diethelm-Varela et al., 2025), un metaanálisis situó el efecto del piojo de mar sobre la mortalidad por SRS en torno a RR 1,40 (Mardones et al., en revisión), y una elicitación estructurada de expertos ubicó a los vecinos densos, el fouling de redes y los baños previos al brote entre los principales riesgos modificables (Estévez et al., 2019). La advertencia, que se desarrolla en el Capítulo 9: una asociación aún no es una causa.

5.7 5.6 Ejercicios

Inténtalo tú (5.1). Reconstruye la tabla 2×2 y corre epi.2by2(). Confirma el RR, luego cambia la tabla para poner la exposición en columnas —¿qué pasa con la estimación y por qué importa el orden de las celdas?

5.2 Con los riesgos de §5.2, calcula a mano el riesgo relativo y el riesgo atribuible en los expuestos. Muestra que FAe = (RR−1)/RR da el mismo 55,6 %.

5.3 Un estudio de casos y controles de SRS no puede calcular riesgo. Explica en dos frases por qué la razón de odds es la medida correcta allí y por qué reportar un RR sería incorrecto.

5.4 Supón que solo el 10 % de las unidades estuviera en agua de río en lugar del 51 %. Con el mismo RR, ¿subiría o bajaría la FAP? ¿Qué significa eso para el valor de cambiar de fuente de agua?

5.5 La OR (2,41) supera al RR (2,25). Si el riesgo de BKD fuera solo del 1 % en cada grupo, ¿estarían OR y RR más cerca o más lejos? ¿Por qué?

5.8 Resumen y qué sigue

Las asociaciones se construyen desde la tabla 2×2 de exposición por desenlace.
El riesgo relativo compara riesgos (cohorte/transversal); la razón de odds compara odds y es la medida para casos y controles; la OR sobreestima el RR cuando la enfermedad es común.
Las medidas atribuibles cuantifican el impacto: RAe y FAe para los expuestos, FAP para toda la población —la FAP depende de cuán común sea la exposición, y es el número para priorizar el control—.
Una asociación es un punto de partida, no prueba de causa (Capítulo 9).

En el Capítulo 6 — Leer la prueba volvemos a Detectar y abordamos el diagnóstico de frente.

5.9 Referencias y lecturas

Dohoo I, Martin W, Stryhn H. Veterinary Epidemiologic Research. 2.ª ed. VER Inc.; 2009.
Diethelm-Varela B, et al., Mardones FO. Epidemiología del SRS. J Fish Dis. 2025;e70097.
Estévez RA, Mardones FO, et al. Elicitación estructurada de expertos sobre factores de riesgo del SRS. Aquaculture. 2019;507:402–410.
Mardones FO, Córdova-Bührle F, Diethelm-Varela B, et al. Metaanálisis de efectos del piojo de mar sobre la mortalidad por SRS. En revisión.

Archivos de este capítulo: data/bkd_watersource.csv y scripts/make_bkd_watersource.R.