13  Capítulo 13 — Investigar un brote

Epidemiología aplicada en acuicultura — Parte V: Detección y respuesta

Dónde encaja esto — Responder (prevención terciaria). Cuando la detección (Capítulo 12) da la alarma, comienza la respuesta. Este capítulo es la cúspide de la fase Responder: leer la curva epidémica, conducir una investigación estructurada y estimar dónde y cuándo ocurrió la exposición —usando todas las destrezas del libro—.

13.1 Panorama

Una investigación de brote responde cuatro preguntas bajo presión de tiempo: qué pasa, dónde, en quiénes y por qué —y luego qué lo detiene—. La herramienta central es la curva epidémica, un simple gráfico de casos en el tiempo que codifica el comportamiento de la enfermedad. Este capítulo construye y lee curvas epidémicas para nuestras operaciones, extrae la tasa de crecimiento, retro-estima la ventana de exposición y expone los pasos estructurados de una investigación de terreno.

Reutilizamos weekly_monitoring.csv (las tres cohortes) y regional_srs_weekly.csv (el brote regional).

13.2 13.1 Preparación

pacman::p_load(rio, here, tidyverse, incidence2)
mon <- import(here("data", "weekly_monitoring.csv"))
reg <- import(here("data", "regional_srs_weekly.csv"))

13.3 13.2 La curva epidémica

Una curva epidémica grafica casos nuevos (o muertes) por tiempo de inicio. Su forma es diagnóstica:

ggplot(mon, aes(week, deaths, fill = species)) +
  geom_col() + facet_wrap(~species, scales = "free_y") +
  labs(x = "Semana", y = "Muertes")
  • Las curvas de fuente puntual / común suben y bajan abruptamente en torno a una sola exposición. La cohorte de AHPND del camarón —muertes culminando en la semana 3, días tras la siembra— tiene esta firma: una fuente común (postlarvas o condiciones de estanque contaminadas) golpeando a todos a la vez.
  • Las curvas propagadas ascienden en oleadas sucesivas y crecientes a medida que la infección pasa de pez a pez. La cohorte de SRS del salmón —un alza más lenta hacia un pico en la semana 8— es transmisión propagada.

13.4 13.3 Leer la tasa de crecimiento

El tramo ascendente lleva información cuantitativa. Ajusta un modelo log-lineal a la fase de crecimiento para obtener la tasa de crecimiento epidémico y el tiempo de duplicación:

rise <- reg |> filter(week >= 70, week <= 77)
m <- lm(log(cases) ~ week, data = rise)
r  <- coef(m)[["week"]]          # 0.164 por semana
dt <- log(2) / r                 # 4.2 semanas  (~30 días)

El brote regional se duplica cada ~4 semanas. Contrasta eso con la transmisión dentro de una población medida experimentalmente para P. salmonis —un tiempo de duplicación de unos 4 días y R₀ ≈ 4,2 (Mardones et al., en revisión)—. Las dos escalas difieren unas siete veces: propagación rápida dentro de la jaula, lenta entre centros, por lo que el control opera en ambas escalas (Capítulo 14).

13.5 13.4 Estimar la ventana de exposición

Para un brote de fuente puntual, la curva más un período de incubación conocido retro-estima cuándo ocurrió la exposición: resta el período de incubación del pico (y del primer y último caso) para acotar la ventana. Para el colapso por AHPND del camarón que culmina en la semana 3, con inicio típicamente a días de un desafío por Vibrio, la exposición apunta directo a la siembra o el período inmediato post-siembra —dirigiendo la investigación a la fuente de postlarvas y la preparación del estanque—.

13.6 13.5 La investigación estructurada

Una investigación de terreno sigue una secuencia disciplinada:

  1. Confirmar que el brote es real (descartar artefacto de vigilancia o error de laboratorio) y verificar el diagnóstico.
  2. Definir un caso — criterios explícitos y comprobables.
  3. Contar y encontrar casos — construir la lista de líneas.
  4. Describir por tiempo, lugar, animal — la curva epidémica, el mapeo (Capítulo 14) y las tasas de ataque por grupo.
  5. Generar hipótesis sobre fuente y factores de riesgo.
  6. Probarlas con las medidas de asociación del Capítulo 5, ajustando por confusión (Capítulo 9).
  7. Implementar el control y monitorear si la curva se dobla.
  8. Comunicar y documentar — el lazo de retroalimentación de Resguardar.

El control sigue la lógica de transmisión: reducir susceptibles (vaciado sanitario, despoblación), cortar la transmisión (bioseguridad, densidad, control de piojos) y acortar el período infeccioso (tratamiento temprano y correcto —Capítulo 11—). Para el SRS en particular, la evidencia favorece la despoblación inmediata de centros infectados, el vaciado sincronizado y la acción coordinada de vecindario (Lam et al., 2025; Price et al., 2017).

13.7 13.6 Interpretación en el centro de cultivo

La curva epidémica es el objeto más denso en información de una investigación: su forma separa fuente común de propagada, su pendiente da el tiempo de duplicación, y su posición en el tiempo apunta de vuelta a la exposición. Leerla bien convierte un caótico evento de mortalidad en un problema estructurado con una lista corta de causas comprobables.

13.8 13.7 Ejercicios

Inténtalo tú (13.1). Grafica la curva epidémica de cada cohorte. Clasifica cada una como fuente puntual o propagada, y justifica tu elección desde la forma.

13.2 Ajusta el modelo de crecimiento log-lineal al tramo ascendente del brote regional y reporta el tiempo de duplicación. ¿Cómo cambiaría tu urgencia de control un tiempo de duplicación más corto?

13.3 La curva de AHPND del camarón culmina en la semana 3. Si el período de incubación es de ~1 semana, ¿cuándo fue la exposición probable, y qué paso de manejo implica?

13.4 Escribe una definición de caso explícita para una investigación de brote de SRS, usando un criterio diagnóstico del Capítulo 6 y un signo clínico. ¿Por qué una definición vaga socava toda la investigación?

13.5 Para un brote propagado de SRS en una jaula de un vecindario denso, lista una acción de control en cada una de las tres palancas de transmisión (susceptibles, transmisión, período infeccioso).

13.9 Resumen y qué sigue

  • La curva epidémica distingue fuente puntual (aguda, p. ej. AHPND) de propagada (oleadas sucesivas, p. ej. SRS).
  • Su tramo ascendente da la tasa de crecimiento y el tiempo de duplicación (aquí ~4 semanas regional vs. ~4 días dentro de una población).
  • Curva + período de incubación retro-estiman la ventana de exposición.
  • Una investigación estructurada (confirmar → definir → describir → probar → controlar → documentar) aplica todo el libro.

En el Capítulo 14 — Propagación espacial y de redes extendemos Responder y Anticipar al paisaje.

13.10 Referencias y lecturas

  • Mardones FO, Córdova-Bührle F, Diethelm-Varela B, et al. Transmisión de P. salmonis: intervalo serial, tasa de crecimiento y R₀. En revisión.
  • Lam CT, et al. Estrategias regionales simuladas de control del SRS. Prev Vet Med. 2025;243:106595.
  • Price D, et al. Vaciado sanitario y arrastre del riesgo de SRS. Aquaculture. 2017;473:400–406.
  • Thrusfield M, Christley R. Veterinary Epidemiology. 4.ª ed. Wiley-Blackwell; 2018.

Archivos de este capítulo: ninguno nuevo (reutiliza weekly_monitoring.csv y regional_srs_weekly.csv).