15  Capítulo 15 — PICO, revisión sistemática y metaanálisis

Epidemiología aplicada en acuicultura — Parte VI: Síntesis de evidencia

Dónde encaja esto — Resguardar / Revisar (prevención cuaternaria). El último nivel de prevención trata de aprender —dar un paso atrás para sopesar toda la evidencia, hallar los vacíos y alimentar la política—. Este capítulo es el método detrás de ese lazo, y detrás de los estudios de caso de este libro.

15.1 Panorama

Ningún estudio único zanja una pregunta. La síntesis de evidencia —hacer una pregunta precisa, encontrar todos los estudios relevantes y combinarlos— es como un campo sabe lo que sabe. Este capítulo cubre las tres herramientas: PICO para enmarcar una pregunta contestable, la revisión sistemática (con PRISMA) para reunir la evidencia sin selección sesgada, y el metaanálisis para agruparla en una estimación única con una medida de desacuerdo. Reproducimos, a pequeña escala, la propia síntesis del autor sobre el efecto piojos–SRS.

Usamos lice_srs_studies.csv: seis estudios (desafío y terreno) que estiman el efecto del piojo de mar sobre la mortalidad por SRS.

15.2 15.1 Preparación

pacman::p_load(rio, here, tidyverse, meta, metafor)   # PRISMA2020 para el diagrama de flujo
st <- import(here("data", "lice_srs_studies.csv"))

15.3 15.2 PICO — enmarcar una pregunta contestable

Una pregunta vaga (“¿importan los piojos para el SRS?”) no puede buscarse ni responderse. PICO fuerza la precisión:

  • Población — salmón del Atlántico de cultivo en agua de mar
  • Intervención/exposición — alta carga de piojos (hembras ovígeras por pez)
  • Comparador — baja o nula carga de piojos
  • Outcome/desenlace — mortalidad por SRS

PICO se convierte en la estrategia de búsqueda, los criterios de inclusión y la estructura de la tabla de extracción. Es la pequeña disciplina que hace una revisión reproducible en lugar de una opinión.

15.4 15.3 La revisión sistemática y PRISMA

Una revisión sistemática encuentra y evalúa todos los estudios que cumplen los criterios PICO, documentando el proceso. El diagrama de flujo PRISMA registra cuántos registros se hallaron, cribaron, excluyeron e incluyeron. La propia revisión de SRS del autor ilustra el poder y los hallazgos aleccionadores: de 315 registros cribados, solo 70 fueron de terreno y cumplieron la inclusión; el 87 % de la investigación de terreno cubre epidemiología, genética del patógeno y diagnóstico, mientras que solo el 13 % aborda desempeño de vacunas, farmacocinética e inmunidad del hospedador —y hay apenas dos estudios de efectividad de vacuna en terreno para más de 30 productos licenciados (Diethelm-Varela et al., en prensa)—. Una revisión sistemática no solo agrupa evidencia; mapea los vacíos, que es el lazo de Resguardar en acción.

15.5 15.4 Metaanálisis — agrupar la evidencia

Cuando los estudios son comparables, el metaanálisis combina sus tamaños de efecto, ponderando cada uno por su precisión. Trabajamos en escala logarítmica y usamos un modelo de efectos aleatorios:

m <- metagen(TE = log(st$rr), seTE = st$se_log, studlab = st$study,
             sm = "RR", method.tau = "DL")
forest(m)        # gráfico de bosque

El resultado agrupado:

RR agrupado (efectos aleatorios) = 1,44 (IC 95 % 1,24–1,67)

Los piojos elevan la mortalidad por SRS en cerca del 44 %, y el intervalo excluye el 1 —un efecto real, muy cercano al ~1,40 reportado en el análisis completo del autor (Mardones et al., en revisión)—. El gráfico de bosque muestra la estimación y el peso de cada estudio, con el diamante agrupado al pie.

🧮 Epivet Tools — Metaanálisis de efectos aleatorios (RR) tools.epivet.cl/meta-rr — ingresa tamaños de efecto por estudio para obtener el RR agrupado, el gráfico de bosque e I².

15.6 15.5 Heterogeneidad y sesgo de publicación

Agrupar solo es honesto si reportas cuánto discrepan los estudios. El estadístico I² da la fracción de variación debida a diferencias reales entre estudios en vez de azar:

# Q = 6.1 (gl = 5), I^2 = 18%, tau^2 = 0.007

Aquí I² = 18 % —heterogeneidad baja a moderada—. Gran parte se explica por el diseño: los experimentos de desafío se agrupan en RR 1,69, los de terreno en 1,33. Eso no es una falla sino un hallazgo. Un gráfico de embudo luego verifica el sesgo de publicación; la asimetría es una advertencia de que la estimación agrupada puede estar inflada —especialmente relevante cuando, como aquí, la base de evidencia de terreno es delgada—.

15.7 15.6 Interpretación en el centro de cultivo

La síntesis de evidencia es la fase Resguardar hecha concreta. Convierte una literatura dispersa en un número defendible con su incertidumbre y sus vacíos —la base de una guía de tratamiento, un estándar de registro de vacunas o una prioridad de financiamiento—. La lección de la revisión de SRS del autor es puntuda: el campo sobre-estudia lo fácil (epidemiología, genética, diagnóstico) y sub-estudia lo que decide los desenlaces (efectividad de vacunas, farmacocinética).

15.8 15.7 Ejercicios

Inténtalo tú (15.1). Escribe una pregunta PICO para el efecto de la vacunación contra SRS sobre la mortalidad acumulada, y lista dos criterios de inclusión y dos de exclusión que se deriven de ella.

15.2 Corre el metaanálisis de efectos aleatorios y reporta el RR agrupado e I². Rehazlo como modelo de efecto fijo —¿cuál da el intervalo más estrecho, y por qué el de efectos aleatorios suele ser más honesto?

15.3 Agrupa los estudios de desafío y los de terreno por separado. Interpreta la diferencia como una fuente de heterogeneidad más que como ruido.

15.4 Explica, con el gráfico de embudo, por qué un metaanálisis de un campo con pocos estudios pequeños (como la efectividad de vacunas contra SRS) debe leerse con cautela.

15.5 Con las cifras de la revisión del autor (70/315 de terreno; 13 % sobre vacunas/FC/inmunidad), enuncia una prioridad de investigación que implique el mapa de evidencia.

15.9 Resumen y qué sigue

  • PICO convierte una pregunta vaga en una buscable y contestable.
  • Una revisión sistemática (con PRISMA) reúne toda la evidencia de forma reproducible y mapea los vacíos.
  • El metaanálisis agrupa tamaños de efecto (RR 1,44 aquí), mostrado como gráfico de bosque.
  • Reporta siempre la heterogeneidad (I²) y verifica el sesgo de publicación; aquí el diseño (desafío vs. terreno) explicó la mayor parte del desacuerdo.

En el Capítulo 16 — Genética de la resistencia cerramos el libro con la capa transversal.

15.10 Referencias y lecturas

  • Diethelm-Varela B, Atero N, Gelcich S, Gallardo A, Mardones FO. Evidencia de terreno sobre el manejo de P. salmonis: una revisión sistemática y mapa de evidencia tipo “queso suizo”. Reviews in Aquaculture, en prensa.
  • Mardones FO, Córdova-Bührle F, Diethelm-Varela B, et al. Metaanálisis de efectos del piojo de mar sobre la mortalidad por SRS y R₀. En revisión.
  • Page MJ, et al. La declaración PRISMA 2020. BMJ. 2021.
  • Dohoo I, Martin W, Stryhn H. Veterinary Epidemiologic Research. 2.ª ed. VER Inc.; 2009.

Archivos de este capítulo: data/lice_srs_studies.csv y scripts/make_meta_studies.R.